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Jacqueline Collet-Narboni
Responsable administrative

courriel : jacqueline.collet-narboni@upmc.fr

Cette page est la page de garde du site consacré à l' unité d'enseignement « Statistiques en bioinformatique et algorithmes sur les séquences (4I701) »

Ressources annuelles

Responsable de l'UE : Weigt, martin



Description de l'UE :

Cette UE fournit aux étudiants une introduction aux concepts et approches statistiques en bioinformatique. Une ample variété de problèmes d'analyse des séquences biologiques sont présentés ainsi que leurs solutions algorithmiques. Ce module est divisé en deux sous-parties: une première partie concerne les statistiques appliquées en Bioinformatique et la deuxième touche plusieurs problèmes d'analyse des séquences biologiques auxquels certaines des approches statistiques seront appliquées.

Programme prévisionnel: - Chaînes de Markov I : Ilots CpG, bases théoriques. - Chaînes de Markov II : théorème ergodique, distributions invariantes. - Modèles de Markov cachés I : Algorithmes de Viterbi, backward-forward. - Modèles de Markov cachés II : Apprentissage des paramètres, HMM de profiles pour familles protéiques. - Echantillonnage : importance sampling, Monte Carlo Markov Chain, Gibbs sampling. - Algorithmes d'alignement de séquences par paires et multiple. - Nouvelles approches au problème de la détection d'homologies lointaines. - Algorithmes exactes de recherche de motifs: motifs d'ADN et matrices de poids spécifiques des positions. - Algorithmes probabilistes de recherche de motifs: Gibbs sampling, projections aléatoires, EM. - Algorithmes pour la recherche des gènes procaryotes et eucaryotes. - Algorithmes pour la prédiction des structures secondaires de l'ARN.