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Jacqueline Collet-Narboni
Responsable administrative

courriel : jacqueline.collet-narboni@upmc.fr

Cette page est la page de garde du site consacré à l' unité d'enseignement « Introduction àc la biologie et aux algorithmes sur les arbres et les graphes en bioinformatique (4I700) »

Ressources annuelles

Responsable de l'UE : CARBONE, alessandra



Description de l'UE :

Cette UE fournit une introduction aux concepts et mécanismes fondamentaux de biologie moléculaire et cellulaire, et présente une variété de problèmes biologiques actuels, leur modélisation et leur solution algorithmique. L'UE est divisée en deux sous-parties. La première partie présente aux étudiants à quelques concepts et mécanismes de base de la biologie moléculaire et cellulaire. La deuxième partie introduit une variété de problèmes de modélisation et d'analyse de données en bioinformatique qui ont amené à proposer des solutions algorithmiques qui exploitent les notions combinatoires d'arbres et de graphes. Une partie des concepts introduits dans la première partie sera reprise, présentée dans un langage plus formel et manipulée algorithmiquement pour résoudre un problème biologique d'actualité.

Programme prévisionnel : - Que trouve-t-on dans une cellule ? Les compartiments, ce qu'ils contiennent, leurs fonctions dans la cellule (les molécules simples, les membranes, les polymères de sucres) ; - Quelques notions de bioénergétique. Les types de liaisons fortes et faibles en biologie ; - Grands types de macromolécules biologiques structure et propriétés des acides aminés et des protéines (protéines structurales et protéines enzymatiques) ; - Structure des acides nucléiques ADN et ARN ; - Mécanismes d'expression de l'information génétique transcription chez les bactéries et chez les eucaryotes ; - Régulations géniques (protéines régulatrices ex l'opéron Lactose la régulation chez les eucaryotes (régulateurs diverses, chromosomes, chromatine, nucléosome, microARN) ; - Séquences d'ADN dans un génome : gènes et ADN répété, mutations et épi-mutations ; - Réplication de l'ADN et cycle cellulaire ; - Introduction à la signalisation cellulaire ; - Cycle d'un virus le phage Lambda et sa régulation ; - Algorithmes de reconstruction de longues séquences d'ADN d'après leur séquençage ; - Algorithmes de reconstruction d'arbres phylogénétiques: méthodes basées sur les distances, par parcimonie et par maximum de vraisemblance ; - Algorithmes pour analyser les réarrangements des génomes ; - Réseaux biologiques, analyse de leurs propriétés et modèles de génération aléatoire.