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Secrétaire

tél. :01 44 27 25 50

courriel : master.info.bim@upmc.fr

Deuxième année

Les cours proposés dans cette deuxième année préparent les étudiants à poursuivre des recherches en bioinformatique et modélisation sur des sujets concernant l'évolution des séquences (ADN, ARN et protéiques), l'expression génique, la biologie structurale et la génétique des populations.

La liste suivante contient les programmes des nouvelles UE proposées pour l'enseignement en M2 BIM ainsi que les cours qui pourront être choisis dans les masters de mathématiques ou biologie (dans les masters BMC et BIP). La cohérence dans les choix de chaque étudiant sera contrôlée par l'équipe pedagogique.

Nous avons deux vagues de cours au premier semestre, appelées V3 et V4. Chaque cours correspond à 3 ECTS. Les cours durent 7 semaines, certains débutent mi-septembre (V3) et d'autres dèbuteront fin novembre (V4) pour se terminer fin janvier. Sur les deux vagues, les étudiants devront suivre 30 ECTS de cours.

Au deuxième semestre, les étudiants suivront 12 ECTS de cours (vague V5) et à partir du début avril, ils devront effectuer un stage de recherche de 6 mois auprès d'un laboratoire, qui donnera lieu à un rapport écrit et à une soutenance de stage. Ceci correspondra à 18 ECTS.

Pour chaque semestre, les UE en orange sont obligatoires. L'étudiant pourra aussi choisir des UE d'autres specialités, par exemple, parmi celles en blanc ou vert ou jaune dans le tableau ci-dessous.

Avant le début des cours

Une semaine avant le début des cours de M1, un cours de mise à niveau de 12h sera offert. Ce cours n'est pas obligatoire mais est fortement conseillé.

Acronyme Nom Responsable Durée Spec.
INTRO Introduction à la biologie moléculaire M. Boccara 12h BIM

Semestre 3 (M2S3)

Acronyme Nom Responsable ECTS Spec.
EVOL Génétique, génomes et évolution G.Fischer 3 BIM
PHYL Phylogenie et méthodes de reconstruction phylogénétique: théorie mathématique et algorithmes P.Lopez & A.Carbone 3 BIM
SCLASS Statistiques et classification en bioinformatique P-H.Wuillemin 3 BIM
GPOP Génétique des populations P.Arndt 3 BIM
GCOMP Génomique comparative et évolution A.Carbone & B.Dujon & J.van Helden 3 BIM
GRES Grands et petits réseaux biologiques: reconstruction et analyse H.Isambert & J.van Helden 3 BIM
STRUCT Algorithmes en bioinformatique structurale D.Gilis 3 BIM
OCAI Optimisation continue et applications industrielles M. Minoux 3 IAD
MODE Modèles décisionnels C. Gonzales 3 IAD
PDML Programmation discrète et modèles linéaires A. Billionnet 3 IAD
DMDC Décision multicritères et décision collective P. Perny 3 IAD
MADRO Méthodologies aide à la décision et recherche opérationnelle P. Fouilhoux 3 IAD
APAS Apprentissage automatique, apprentissage statistique P. Gallinari 3 IAD
A4MA Agents autonomes, agents apprenants et multi-agents N. Sabouret 3 IAD
RPPC Résolution de problèmes et programmation par contraintes A. David 3 IAD
TIIAPIAD Traitement d'incertitude d'imprécision, approche probabiliste pour l'IA et la décision P.-H. Wuillemin 3 IAD
AFD Algorithmes de la fouille de données T. Artières 3 IAD
GENAL Génération aléatoire O.Bodini 3 STL
MGSL Méthodes de resolution des grands systèmes linéaires F.Ricco 3 STL
ASRA Algorithmes et implantations pour la localisation des solutions réelles et applications M.Safey 3 STL
IBIO Imagerie biologique P. Guillaud 3 IMA
NM484 Towards systems biology of multi-cellular tissues D.Drasdo 6 math
NM463 Introduction to Modeling in the cellular biology and synaptic transmission D.Holcman 6 math
NV503 Biochimie des protéines (cours Institut Pasteur) A.Chaffotte 12 BMC
NV509 Biologie des systèmes cellulaires F.Devaux 12 BMC
NV521 Analyse des génomes (cours Institut Pasteur) B.Dujon 12 BMC
NV523 Biologie moléculaire : ARN et évolution M-C. Maurel 12 BMC

Semestre 4 (M2S4)

Acronyme Nom Responsable ECTS Spec.
MINEPLEX Fouille de données complexes : génomique, transcriptomique et clinique J-D. Zucker & C.Henegar 3 BIM
ARN Modélisation et bioinformatique de l'ARN M.Boccara & H.Isambert & Y.Ponty 3 BIM
SR Stage recherche A.Carbone 18 BIM
MGDE Modèles graphiques pour la décision C. Gonzales 3 IAD
RHAD Recherche heuristique et algorithmes pour la décision P. Perny 3 IAD
SMA Systèmes multi-agents A. El Fallah Seghrouchni 3 IAD
NM448 Modélisation des rythmes du vivant A.Golbeter & J-P.Francoise 3/6 math