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Secrétaire

tél. :01 44 27 25 50

courriel : master.info.bim@upmc.fr

Objectifs et description

Les enjeux actuels de la biologie et de la médecine engendrent des besoins nouveaux à l'interface avec l'informatique et les mathématiques : analyse de données complexes, outils de modélisation approfondis. Ceci nécessite de former des jeunes scientifiques ayant une vaste culture pluridisciplinaire. La spécialisation "BioInformatique et Modélisation" (BIM) répond à cette demande en pleine croissance au niveau national et international. Elle est construite à l'interface des deux mentions Informatique et Biologie Moléculaire et cellulaire (BMC) avec la participation de la mention Mathématiques et Applications. La finalité de la formation est indifférenciée (professionnelle et recherche)

Les aspects nouveaux de cette spécialité par rapport aux masters existant en France et à l'étranger sont : un programme de formation intégré à la biologie, mêlant algorithmique, combinatoire et statistiques pour la bioinformatique et la modélisation mathématique ; des modules de recherche conçus pour mélanger les étudiants provenant de différentes disciplines ; des modules de mises à niveaux pour permettre l'acquisition des connaissances mais aussi d'un langage commun pour permettre des échanges ; des modules partagés par des enseignants de disciplines différentes. Cette collaboration dans un même module devrait enrichir la pédagogie "classique" disciplinaire et a pour but d'élargir l'esprit des étudiants. Au sein de la spécialisation nous souhaitons préparer nos étudiants à la recherche et aux applications dans ce domaine d'interface en s'appuyant sur des bases solides en Informatique. Le but principal de la spécialisation est de préparer les étudiants au développement de nouvelles méthodes pour résoudre des problèmes des sciences du vivant. Il est donc essentiel qu'ils soient compétents dans leur domaine d'origine et qu'ils connaissent le langage et les problématiques des sciences biologiques et biomédicales. Le besoin de manipuler et d'analyser de larges quantités de données demande que la formation des étudiants soit complété par des compétences en simulation numérique et en analyse statistique. Les étudiants de la spécialité qui participeront au master international (en partenariat avec l'Université Libre de Bruxelles, Belgique) devront passer un semestre dans une université partenaire, à l'occasion du stage de M2 ou pour un semestre de cours. Si la présence d'étudiants étrangers le demande, les cours de M2 peuvent être assurés entièrement en anglais. En outre au moins un cours de M2 est enseigné en anglais pas un professeur invité étranger.

Public visé

La spécialité s'adresse à un public d'étudiants scientifiques disposant de bonnes connaissances en informatique et/ou en mathématiques appliquées à l'informatique. Notamment, les étudiants devront avoir une formation en informatique générale incluant la maîtrise de l'algorithmique et de la programmation et une bonne connaissance des mathématiques de base (logique, algèbre, analyse, probabilités, statistiques).

Admission en première année de master
Le public de la première année est principalement constitué d'étudiants ayant obtenu une licence d'informatique ou de mathématiques (avec quelques UE en programmation et en algorithmique), mais d'autres parcours moins typiques seront aussi examinés. Par exemple, nous offrons la possibilité aux étudiants de Physique et Chimie de s'inscrire à BIM. Seront particulièrement appréciés les dossiers des étudiants provenant de formations mathématiques ou informatique qui ont montré, durant leur cursus Licence, un intérêt pour les sciences de la vie.

Admission en seconde année de master
Le public de deuxième année est constitué pour une part des étudiants de la première année, et pour l'autre part d'élèves provenant d'autres universités ou d'écoles d'ingénieurs et ayant démontré dans leur cursus d'étude un intérêt pour les sciences de la vie, les mathématiques appliquées à l'informatique et/ou l'informatique. Les dossiers seront évalués au cas par cas.

Enfin, l'intégration de BIM dans le Programme International de Master BIMM offre une visibilité internationale pour la spécialité et un flux d'étudiants provenant de l'étranger. Ils auront des formations compatibles à celles décrites ci-dessus.

Organisation

La spécialité permet aux étudiants d'informatique d'acquérir des compétences dans le domaine de la bioinformatique et de la modélisation tout en assurant aux étudiants une formation d'informaticiens. Le développement de leurs connaissances en algorithmique, en intelligence artificielle ou en imagerie leur permettront d'apporter des contributions méthodologiques originales dans ce domaine.

Pour garantir des bases solides en informatique, nous proposons une première année (M1) de cours approfondis en informatique partagés avec les spécialités IAD (Intelligence Artificielle et Décision), IMA (Imagerie) et STL (Science et Technologie du Logiciel) et couvrant les connaissances nécessaires en algorithmique, combinatoire et statistiques. Les étudiants suivront aussi des cours de statistiques et d'introduction aux bases de la biologie, à la bioinformatique et à la modélisation. Ces modules permettront aux étudiants de se familiariser avec la pluridisciplinarité grâce au contenu des enseignements et à travers la collaboration entre étudiants de disciplines différentes au sein du Programme International de Master BIMM, qui partagera ses cours avec la spécialité.

La seconde année (M2) sera constituée par une partie de cours et un stage. Les cours de M2 seront, pour la plupart, donnés par au moins deux intervenants, dont l'un sera biologiste. Ceci permettra de s'assurer que les étudiants restent sensibles aux enjeux des problématiques en biologie. Une vaste variété de cours de modélisation est d'ores et déjà proposée à l'UPMC et environ 10 UE dédiées à la bioinformatique et à la modélisation seront assurées par la spécialité.

La spécialisation partage quelques UE de M1 et un grand nombre d'UE de M2 avec la spécialité "Mathématiques de la Modélisation" de la mention Mathématiques et Applications, et la mention Biologie Moléculaire et Cellulaire (BMC) du Master de l'UPMC.

Débouchés professionnels

Recherche :

Bioinformatique, modélisation de systèmes biologiques (laboratoire ou industrie). La spécialité BIM couvre des problèmatiques très pratiques et actuelles comme la génomique et la fouille de grande quantités de données biologiques, ce qui lui assure des débouchés professionnels. Elle aborde aussi des domaines plus prospectifs faisant l'objet de recherches de pointe dans nos laboratoires. L'un des objectif du master est de fournir aux étudiants la posssibilité d'une thèse dans de nombreux centres hors université : INRIA, Genoscope-CEA, INRA, etc. D'autres étudiants iront vers des laboratoires (biologie, écologie, biomécanique, médecine...) universitaires. Le laboratoire de Génomique des Microorganismes accueillera des étudiants éventuellement intéressés par la réalisation d'une thèse expérimentale avec une partie d'analyse in silico et des étudiants intéressés par le développement de nouvelles méthodologies d'analyse de données in silico.

Industrie :

La spécialité prépare aussi au travail dans des équipes de recherche et développement (laboratoires pharmaceutiques ou en biotechnologies) ou de création de logiciels spécialisés dans le domaine des sciences de la vie. Avec de l'expérience, il sera possible d'occuper des positions de consultant, d'expert en développement de systèmes informatiques pour la biologie des systèmes, de chef de projet, de chercheur.

Equipe pédagogique de la spécialité

Les modules de M1 et de M2 de la spécialité sont assurés par des enseignants de disciplines différentes. Cette collaboration dans un même module enrichit la pédagogie "classique" disciplinaire dans le but d'élargir l'esprit des étudiants. L'équipe pédagogique fournit un effort important afin de :

  • favoriser une interaction profitable entre étudiants de formations différentes. Conception de groupes de travail, cours interactifs avec présentation d'articles par les étudiants, présentation de travaux de recherche par des chercheurs invités de domaines différents, etc seront mises en place.
  • permettre la révision des contenus des cours vis-a-vis des nouvelles méthodes et des nouvelles découvertes dans ce domaine en constante évolution.

Responsables

Alessandra Carbone et Martin Weigt,
Professeurs au Département d'Informatique de l'UPMC
Coordination : Katia Pytel
Secrétariat Pédagogique BIM
Maison de la Pédagogie - B.211
Tel. office : +33 (0)1 44 27 53 82
Email BIM : master.info.bim@upmc.fr

Site de la spécialité

Site de la specialité BIM du Master d'Informatique

Site de la specialité BIM du Master de Biologie Moléculaire et Cellulaire BIM-BMC

Site de la specialité "Mathématiques appliquées à la biologie et à la médecine" du Master de Mathématiques